深涌位於西貢半島西邊，自清朝起已有紀錄的客家村落，有黃、李兩姓。由於早年以水路與鄰近地區聯繫，屬大埔區的西貢北選區。雖自1952年起有連接深涌、大埔及馬鞍山的渡輪出入，但當時仍未有碼頭，需要小艇接駁。至1962年建成第一個公共碼頭。
根據《先賢之路 – 西貢天主教傳教史》所載，早於19世紀末已有傳教士傳教，神父更與50個家庭建築長210米、高6米、9至12米闊的長堤，以漲潮時土地被海水淹沒，又設閘口排水，讓農業可以自給自足，養活村內一半人口。
從水稻田到生態天堂
70 年代村民陸續遷出到城中工作，荒廢的稻田自然演化為濕地，是香港特有品種香港鬥魚的棲息地，並發現香港新紀錄芒鰕虎魚。其高生態價值早受政府確認，於1985年深涌海岸被指定為具特殊科學價值地點(SSSI)。2004年，深涌被選定為新自然保育政策下12個重要生態價值地點之一。
發展是升級還是破壞？
新鴻基地產於90年代末開始收購深涌的農地。於1999年，有人發現濕地被填平及植上草坡，近半紅樹林被剷平，保育人士進行拯救香港鬥魚行動，將沼澤僅餘發現的鬥魚送到嘉道理農場暨植物園。
2003年發展商新鴻基地產向特首私人秘書提交發展大型哥爾夫球度假村計劃建議。2008年發展商正式向城規會申請（A/DPA/NE-SC/1）更改土地用途進行「臨時生態保育政策」。於2010年，城規會終拒絕申請，因申請人未能證明擬議的工程不會對周邊環境產生任何不良的生態、環境、視覺及景觀影響，尤其是對海岸保護區及場地內的生態敏感河流；以及申請人並未提交有關擬議工程在運作、管理及維修保養方面的細節。
文化可以保育，生態只可以旅遊？
由政府鄉郊保育辦公室2020年曾撥款200萬港元進行「深涌Haven：⼤⾃然、⽣態與⼈的皈依」保育研究，倡議人為天主教香港教區「古道行」工作小組，主要探討三王來朝小堂的歷史背景及現況，以及其保育建議。
多年來，具體生態保育政策未見蹤影。
在2017年政府將深涌列入改善碼頭計劃之中，新碼頭在2025年完工正式使用。新鴻基在西沙的地產項目GO PARK落成後亦提供船隻來往井頭及深涌。
2026年原居民李世豪向城規會申請將農地改為度假營以呼應政府「無處不旅遊」的方針。
